¸¶Å©·ÎÁ¨(038290)ÀÌ Â÷º° ¹ßÇö À¯ÀüÀÚ(DEG, Differentially Expressed Gene) ºÐ¼® °á°ú¸¦ ¿øÇÏ´Â Á¶°Ç¿¡ ¸ÂÃç ´Ù¾çÇÏ°Ô ½Ã°¢ÈÇÒ ¼ö ÀÖ´Â À¥ºä¾î ‘DEG Viewer’ º£Å¸ ¼ºñ½º¸¦ Áö³ 25ÀÏ Ãâ½ÃÇß´Ù.
DEG ºÐ¼®Àº 2°³ ÀÌ»óÀÇ »ùÇÿ¡¼ Àü»çü ½ÃÄö½Ì(transcriptome sequencing)À» ÁøÇàÇÑ ÈÄ »ùÇà ±×·ì °£ À¯ÀüÀÚ ¹ßÇö°ú Á¶Àý ¾ç»óÀÇ Â÷À̸¦ ºñ±³ÇÏ´Â ºÐ¼® ±â¹ýÀÌ´Ù.
¸¶Å©·ÎÁ¨ ‘DEG Viewer’´Â ±âÁ¸ Àü»çü ºÐ¼® ¼ºñ½º ÀÌ¿ë °í°´µéÀÌ DEG ºÐ¼® °á°ú µ¥ÀÌÅ͸¦ Åä´ë·Î ½º½º·Î ºÐ¼® Á¶°ÇÀ» ´Ù¸£°Ô ¼³Á¤ÇÏ°í ´Ù¾çÇÑ ½Ã°¢È Ç׸ñÀ» Ãß°¡ÇÏ¸é¼ »õ·Î¿î ÀλçÀÌÆ®¸¦ µµÃâÇÒ ¼ö ÀÖµµ·Ï Áö¿øÇÏ´Â À¥ ±â¹Ý ¼ºñ½º´Ù.
¸¶Å©·ÎÁ¨ ‘DEG Viewer’ ¼ºñ½º ÀÌ¿ë ½Ã, °í°´Àº DEG ºÐ¼®¿¡ ÇÊ¿äÇÑ À¯ÀüÀÚ ¸®½ºÆ®¸¦ Á÷Á¢ ±¸¼ºÇϰųª, MSigDB µî ±âÁ¸ µ¥ÀÌÅͺ£À̽º¸¦ È°¿ëÇØ ¸ÂÃãÇü À¯ÀüÀÚ ÁýÇÕ(Gene Set)À» ±¸¼ºÇÏ°í, À̸¦ ÁÖ¼ººÐ ºÐ¼® Ç÷Ô(PCA Plot), ´ÙÂ÷¿øôµµ¹ý Ç÷Ô(MDS Plot), È÷Æ®¸Ê(HeatMap), º¥´ÙÀ̾î±×·¥(Venn diagram) µî ´Ù¾çÇÑ ¹æ½ÄÀ¸·Î ½Ã°¢ÈÇÏ¿© °á°ú µ¥ÀÌÅ͸¦ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù.
¶ÇÇÑ, GO, KEGG µî »ý¹°ÇÐÀû À¯ÀüÀÚ Æ¯¼ºÀ» °¡Áö´Â À¯ÀüÀÚ ÁýÇÕÀ» ±â¹ÝÀ¸·Î, ÇØ´ç ºñ±³Á¶ÇÕ¿¡¼ ´Ù¸¥ À¯ÀüÀÚ ÁýÇÕº¸´Ù ´õ ¸¹ÀÌ À¯ÀüÀÚ°¡ ¹ßÇöµÆ´ÂÁö¸¦ È®ÀÎÇÒ ¼ö ÀÖ´Â À¯ÀüÀÚ ÁýÇÕ ³óÃàºÐ¼®(gene set enrichment analysis) °á°úµµ È®ÀÎÇØ º¼ ¼ö ÀÖ´Ù. DEG Viewer¿¡¼ »ý¼ºµÈ ¸ðµç ±×¸²Àº png ÆÄÀÏ ¶Ç´Â PDF ÆÄÀÏ·Î ´Ù¿î·Îµå °¡´ÉÇØ ÃßÈÄ ³í¹® ºÐ¼®¿¡ È°¿ëÇÒ ¼ö ÀÖ´Ù.
¸¶Å©·ÎÁ¨ °ü°èÀÚ´Â “¸¶Å©·ÎÁ¨ DEG Viewer´Â DEG ºÐ¼® µ¥ÀÌÅ͸¦ Á÷Á¢ ´Ù·ïº¸¸ç °í°´ÀÌ ¿øÇÏ´Â ¹æÇâÀ¸·Î °á°ú¸¦ ½Ã°¢ÈÇغ¼ ¼ö ÀÖ´Ù´Â Á¡ÀÌ °¡Àå Å« ÀåÁ¡”À̶ó¸ç, “3°³¿ù°£ÀÇ º£Å¸ Å×½ºÆ® ±â°£À» °ÅÃÄ ´õ¿í ¹ßÀüµÈ ‘DEG Viewer’ Á¤½Ä ¼ºñ½º¸¦ ¿ÃÇØ ¿¬¸» ·ÐĪÇÒ °èȹ”À̶ó°í ¸»Çß´Ù.
±è»ç¶û ±âÀÚ kimsarang0420
<ÀúÀÛ±ÇÀÚ © ÆʽºÅ¹, ¹«´Ü ÀüÀç ¹× Àç¹èÆ÷ ±ÝÁö>